24 Ekim 1924’te Bitlis’te doğdu. 1943-1951 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Şarkiyat Enstitüsü’nde İslami Bilimler ve Orientalistik alanında öncü bir yere sahip olan Alman Orientalist Hellmut Ritter’in (1892 - 1971) yanında öğrenim gördü. Hocasının, bilimlerin temelinin İslam bilimlerine dayandığını söylemesiyle bu alana yöneldi. 1954’te Arap Dili ve Edebiyatı Bölümü’nde “Buhari’nin Kaynakları” adlı doktora tezini tamamladı. 1954 yılında İslam Araştırmaları Enstitüsü’nde doçent oldu. Burada Zeki Velidi Togan ile çalıştı. 27 Mayıs 1960 askerî darbesi sırasında üniversiteden uzaklaştırılan ve 147’likler diye bilinen akademisyenler arasındaydı. 1961 yılında Almanya’ya giden Fuat Sezgin Frankfurt Üniversitesi’nde önce misafir doçent olarak dersler verdi. 1965 yılında Frankfurt Üniversitesi’nde profesör oldu. Prof. Dr. Sezgin Suudi Arabistan Kral Faysal Vakfı’nın İslami Bilimler Ödülünü 1978 yılında ilk alan kişidir. Prof. Dr. Fuat Sezgin son olarak, Arap-İslam Bilimleri Enstitüsü için hazırladığı bilimsel araç ve gereçlerin benzerlerini yaptırarak, 25 Mayıs 2008 tarihinde dönemin Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan’ın açılışını yaptığı İstanbul İslam, Bilim ve Teknoloji Müzesi’nin kurulmasına önayak olmuştur. Onlarca ödülün sahibi olan Prof. Dr. Fuat Sezgin, Mayıs 2018'de İstanbul'da vefat etmiştir.