1990 yılında İstanbul Üniversitesi Tarih Bölümü’nü bitiren Aydüz, 1994’te aynı üniversitenin Bilim Tarihi Bölümü’nde Yüksek Lisans, 1998’de de Doktora Programı’nı tamamladı. Yüksek Lisans ve Doktora çalışmalarını TDV İSAM Bursu ile tamamladı ve 1999’da Fatih Üniversitesi Tarih Bölümü’ne dâhil olup 2003’e kadar bu üniversitede fiilen görev yaptı. 2003 yılından 2012 yılı sonuna kadar İngiltere’nin Manchester şehrinde post doktora çalışması yapmak üzere üniversiteden ayrıldı. Aynı süre zarfında Manchester Üniversitesi’nde misafir araştırmacı olarak görev aldı. Özellikle Osmanlı ve İslam bilim, teknoloji ve tıp tarihi konularında uzman olan Aydüz’ün birçok kitap, ulusal ve uluslararası eserlerde yayınlanmış akademik makale, televizyon ve radyo çalışmaları bulunmaktadır. 2012-2015 yılları arasında İngiltere’nin Manchester şehrinde bulunan British Muslim Heritage Center’da araştırmacı olarak çalıştı. 2013-2104 yılları arasında da İstanbul Medeniyet Üniversitesi Bilim Tarihi Bölümü’nde öğretim üyeliği yapan Aydüz, halen Canik Başarı Üniversitesi’nde öğretim üyesidir.