1950'de Los Angeles’ta doğdu. 1973'te Stanford Üniversitesi'nde karşılaştırmalı dinler üzerine yaptığı çalışmalarla dikkat çekti. Doktorasını Harvard Üniversitesi’nden aldıktan sonra üç yıl boyunca Pomona College’ta öğretim üyeliği yaptı. Genel çalışma alanları arasında İslamî araştırmalarda genel ve eleştirel meseleler, modern dönem öncesinde ve günümüzde tasavvuf anlayışı ve Hint-Müslüman kültürü bulunmaktadır. Son zamanlarda ise İslamî ilimler dâhilinde İslamofobi üzerine genel çalışmalar yapmakta; Kur'ân'ın okunması ve idrak edilmesi, İslam'ın doğru anlaşılması ve İslamî ilimlerdeki güncel meseleler üzerine eğilmektedir. Erken dönem tasavvuf anlayışı üzerine de çalışan Ernst, özellikle Hallâc-ı Mansur'un eserlerini İngilizceye aktarıp edebî tercümesini yaparak bu külliyatı dünya çapındaki okurlarıyla buluşturmak amacındadır. 

2009 yılında Chapel Hill North Carolina Üniversitesi, Din Araştırmaları Bölümü adına TÜRKKAD ile ortaklaşa olarak Ken’an Rifâî İslam Araştırmaları Kürsüsü’nün kuruluşunda rol almıştır. Halen Chapel Hill North Carolina Üniversitesi Din Araştırmaları Bölümü’nde öğretim üyesi olan Carl W. Ernst, özellikle Batı ve Güney Asya’daki dinî çalışmalar ve bu bölgelerdeki tasavvuf anlayışı üzerine yoğunlaşmakta, ağırlıklı olarak çalıştığı bu bölgelere binaen çalışmalarında Arapça, Farsça ve Urduca kaynakları ve araştırmaları temel almaktadır.