21 Haziran 1968'de Erzurum'un İspir İlçesi'nde doğdu. Kocaeli'nin Gebze İlçesi'nde ilköğretim ve liseyi tamamladıktan sonra Marmara Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Arşivcilik Bölümü'nden mezun oldu (1993). Marmara Üniversitesi Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü Yakınçağ Tarihi Anabilim Dalı'nda yüksek lisans (1996) ve doktorasını (2004) tamamladı. Yurdakul, 3 Eylül 2007 29 Şubat 2008 tarihleri arasında misafir öğretim üyesi olarak İskoçya'da (Edinburgh Üniversitesi, Basil Paterson Collage) bulundu. Yurdakul'un doktora çalışması 2008'de Osmanlı İlmiye Merkez Teşkilatı'nda Reform (1826 1876) adıyla neşredildi. Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) tarafından 2013 yılı telif eser ödülüne layık görülen bu eser, 2017'de İletişim Yayınları tarafından ikinci kez basıldı. Yurdakul'un ayrıca Şeyhülislâmlık Arşivi (Bab ı Meşihat) Defter Kataloğu (İstanbul, 2006); Kethy Brown'un Bursa ve İstanbul Hatıratı (İstanbul, 2008); Aziz Şehre Leziz Su - Dersaadet (İstanbul) Su Şirketi (İstanbul, 2010); İstanbul Şer‘iyye Sicilleri Vakfiyeler Kataloğu (İstanbul, 2015); Şeyhülislâm Arzları ve Padişah İradeleri (1845 1878) (Ankara, 2017); Şehrin Hafızası - Bilecik Mezar Taşları ve Kitabeleri (Bilecik, 2018) adlı kitap çalışmaları yayımlanmıştır. 2010 yılından itibaren Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi'nde çalışmalarını yürütmekte olan Yurdakul, 2011 yılında Yeniçağ ve Yakınçağ Tarihi Doçenti, 2017'de de profesör unvanını almış olup ilmiye teşkilatı, hilafetin dinî siyasi nüfuzu, İstanbul suları ve benzeri konular üzerine çalışmalarını sürdürmektedir.