Süleyman Faruk Göncüoğlu İstinye’de doğdu. Atatürk Üniversitesi, Arkeoloji ve Sanat Tarihi Bölümü’nden 1995’te mezun oldu. İstanbul Üniversitesi, Sanat Tarihi Bölümü’nde Türk ve İslam Sanatları dalında yüksek lisans ve doktorasını tamamladı. 1996–2008 yılları arasında Kadir Has Üniversitesi, İstanbul Teknik Üniversitesi ve Marmara Üniversitesi’nde asistan ve öğretim görevlisi olarak, Kültür Tarihi, Mimarlık Tarihi, Sanat Tarihi, Güzel Sanatlar ve ‘İstanbul Şehir Tarihi’ konularında dersler verdi. Kültür ve Turizm Bakanlığı, İstanbul, Kültür ve Tabiat Varlıklarını Bölge Koruma Kurulu üyesi ve başkan yardımcısı görevleri yanında İstanbul Büyükşehir Belediyesi Kültür A.Ş. yönetim kurulu üyeliği görevini de ifa etti. İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından hazırlanan İstanbul Yüz Bin Planlarının hazırlanmasında danışmanlık yaptı. Çeşitli kamu ve özel eğitim kurumlarında, şehir tarihi üzerine dersler vermeyi sürdüren yazar, bir ideal olarak sürdürmekte olduğu, İstanbul Kültür Mirası Envanteri kapsamında İstanbul şehri üzerine telif eser ve editör olarak pek çok kaynak eserin yayınlanmasını sağlamıştır.
Kültür tarihini bir disiplin olarak oluşturma çalışmaları sürdüren Göncüoğlu; uzun yıllardır şehir ve semt tarihleri üzerine çalışmalarını yoğunlaştırmıştır. İstanbul şehrini İstanbullulara ve dünya toplumlarına tanıtma ve öğretme amacıyla, Kasım 2003 yılında, dokümantasyon, arşivleme ve araştırma merkezi olan Kültür Tarihi Araştırmaları Merkezi ile Eylül 2004 tarihinde İstanbul Şehri Kültür Tarihi Araştırmaları Merkezi’ni kurdu.
Göncüoğlu, Tarih ve Düşünce dergisinin bir dönem genel yayın yönetmenliğinde ve 1453 İstanbul Kültür ve Sanat Dergisi’nin yayın kurulunda bulundu. Halen, uluslararası hakemli bilimsel bir dergi olan Yenifikir dergisinin editörlüğünü sürdürmektedir. Aralık 2009-Mart 2011 tarihleri arasında İstanbul Fatih ilçesi, Tarihî Yarımada Kurucu Kent Konseyi Başkanlığı’nı da yürüttü. Ocak 2011-Mart 2014 tarihlerinde, Üsküdar Belediye Başkanı’nın kültür ve sanat danışmanı olarak bulundu. Bir dönem İstanbul Türbeler Müzeler Müdürlüğü yapan Göncüoğlu, şehir tarihiyle ilgili araştırmalarına devam ediyor.